"Рим - це Вавилон", говорив він. "Замісце християнства прелати віддаються поезії й сладкоречию. Ви відшукайте в їхніх руках Горация, Вергілія, Цицерона"... Ще різкіше зробилися небезпеки С., коли, опосля погибелі Лоренцо Медичи (1492), правителем Флоренції зробився його нащадок, Петро Медичи, а батьком був вибраний Олександр VI Борджиа. Петро Медичи заборонив Савонароле говорити проповіді протягом поста; С. примушений був покинути Флоренцію й відправитися в Болонью (1493 г.). Отут він піддався гніву з боку подружжя правителя Болоньї: вона віддала наказ своїм охоронцям знищити С. за те, що він іменував її в церкві сатаною. Вернувшись у Флоренцію, С. зайнявся приведенням у виконання власної мрії - морального й муніципального перетворення Флоренції. Спочатку він зайнявся реформою монастиря Сан-Марко. Він продав церковне майно, вигнав усяку розкіш із монастиря, зобов'язав усіх ченців роботою. Для фуррора проповіді язичникам С. організував кафедри грецького, єврейського, турецького й арабського яз. Олександр VI пробував залучити С. на свою сторону, пропонуючи йому спочатку архієпископство у Флоренції, пізніше кардинальську шапку; але С. не припиняв власних обвинувачень проти Рима й тата. В 1494 г. французький володар Карл VIII вступив в Італію, і в листопаді прибув у Флоренцію. Петро Медичи був вигнаний, як изменщик; на чолі посольства до французького короля був поставлений С. У цей тривожний час С. зробився реальним владарем Флоренції; під його впливом у Флоренції були відновлені республіканські установи. По своїх політичних поглядах С. був республіканець, але він замислювався, що республіка тільки тоді буде благом для Флоренції; коли громадяни стануть нравственнее: релігійне й моральне очищення зробить і політичну реформу. С. указував на несправедливий розподіл податків, нападав на багатіїв, говорячи, що вони "привласнюють для себе зарплату простолюду, усі доходи й податки", а бідняки гинуть із голоду. Усім відомо про те, що всякий надлишок
- смертний гріх, тому що він є багатство бідних. Уся робота муніципальної перебудови Флоренції була вироблена в проповідях С. і відбувалася по його програмці. За пропозицією С. були встановлені Велична Рада й Рада вісімдесяти". 5 лютого 1495 г., за пропозицією С., велична рада поміняла поземельний податок прибутковим, у розмірі 10%. Позичальників С. визволив від сплати боргів, а у квітні 1496 г. заснував позиковий банк, зажадавши, щоб у річний строк виїхали із Флоренції всі лихварі й менялы, що брали по 321/2%. Зрештою, С. призначив сеньйором і владикою Флоренції Ісуса Христа, сам же він був в очах народу обранцем Христа. Політичним перетворенням С. закінчив тільки частину власної задачки; йому стояло ще морально відродити Флоренцію. Уже в 1494 році видна була потужна зміна: флорентийцы постилися, відвідували церкву; дами зняли із себе багаті убори; на вулицях, замісце пісень, лунали псалми; читали лише біблію; майже все з авторитетних людей вийшли в мр С. Марко. С. призначав проповіді в годинник, коли були призначені бали або маскаради, і люд стікався до нього.