Т. ордену довелося у власних завойовницьких рвениях зіштовхнутися з Руссю; в 1242 м. Олександр Невський розбив його війська на льоді Пейпуса. Зійшло повстання. Положення Т. ордена було хибке, тим більше, що Християн до цього часу був викуплений з полону й заявив домагання на володіння ордена; але тато підтримував орден, а Християн скоро загинув. В 1249 г. суперечка з архієпископською владою був зовсім вирішений на користь ордена батьком Інокентієм IV. Архієпископська кафедра була перенесена в Ригу; кульмские й прусские єпископи стали самостійними й призначалися зі членів Т. ордена. Тато з ревнощами підтримував орден, схиляючи лицарів надходити в братерство "хоробрих Маккавеев". Завоювання йшло вдало. В 1254-55 г. був початий богемским владикою Оттокаром хрестовий похід проти пруссов, що скінчився розширенням володінь ордена й підставою Кенігсберга. Населення упокорилося й стало ухвалювати християнство, але страхи завоювання й керування викликали загальне повстання в 1260-61 рр., під керуванням литовського князя Миндовга. Положення ордена було критичне. Дарма тата Урбан IV і Климент IV волали про допомогу ордену: У Німеччині панувала анархія. Правда, Оттокар, на настійну вимогу тата, рушив хрестовим походом, щоб "перемогти воскресле в Пруссії чудовисько колишнього идолослужения"; але похід його був невдалий. Обрання Рудольфа Габсбурзького виручило Т. орден. Звичайно ж, усі ми дуже добре знаємо те, що з Німеччини, при сприянні Рудольфа, рушив цілий потік германців, і повстання було подавлено, залите кров'ю: у Померанії всі мешканці були перебиті, у Самландии населення частиною винищене, частиною ховалося в лісах; Судавия звернена в пустелю; Курляндия й Семгалия скорені й спустошені. Таким образом Т. ордену, за допомогою Німеччини й ливонского ордена, удалося опанувати широкою площею від низов'я Вісли до границь Литви на В и до Мазовии на Ю. Було засновано багато замків і міст - Эльбинг, Мариенвердер, Мариенбург, Гольдинген, Виндава, Митава і т.д. була викликана величезна кількість німців-колоністів, які сіли частиною на землі, частиною в городках; містечка одержали право самоврядування (магдебурзьке, любекское); прибуло багато й німецьких дворян; тубільне населення направили в кріпосний стан і зверталися з ним страшно - воно були поза законом. "Ми скоро вмремо й підемо на небо - говорили злощасні - і будемо мучити там германців так, як вони мучили нас отут на землі". Війна тривала, фактично говорячи, близько 55 років
- з 1230 по 1285 г. До початку XIV в. Пруссія представляла собою реальну німецьку провінцію; навіть лівий зберігав Вісли був у руках Т. ордена й отут стояв розквітаючий гір. І дійсно, данциг. Завоювання Пруссії Т. орденом може служити ілюстрацією до загальної вдачі захвата германцями слов'янських земель у середні століття й кривавої германізації цих земель.
XIV в. був часом більшого благоденства ордена; завоювання були зміцнені, торгівля й індустрія росли, містечка багатіли (В 1309 г. гохмейстер Зиґфрід Фейтхванген переніс свою резиденцію з Венеції в Мариенбург.